Первоначальным проектом комплекса было предусмотрено строительство 21,6 тыс. мест для парковки, но проблема нехватки парковочных мест являлась одной из самых тяжелых для "Москва-Сити", поэтому деловой центр неоднократно критиковался столичным градоначальником Сергеем Собяниным, а эксперты долго не могли сойтись в мнениях, сколько все-таки — от 30 до 100 тыс. - машиномест нужно построить.
В настоящее время, по сообщению президента управляющей компании делового центра ОАО "Сити" Андрея Лукьянова, количество машиномест в "Москва-Сити" является конечной величиной, так что ставка при реализации проекта комплекса высоток в столице будет делаться на доступность на общественном транспорте, не на личном. Сейчас на территории комплекса работает 2 станции метро, а к 2017 году их станет 4. Транспортная схема движения в "Москва-Сити" с учетом всех потоков уже разработана.
Строительство гаражей в ММДЦ будет осуществлено на участках 1, 16б и 29-30.